退化成小孩的新一，以柯南之名继续帮警方破案。人小鬼大，什么棘手的案件到手都能迎刃而解。

柯南

推理能力很强的高中生侦探，因调查案件被下毒变成小孩。化名柯南寻找黑衣人组织，不断侦破案件。

工藤新一

服部平次,大阪改方学园高中二年级生，人称“西方的高中生侦探”,知道柯南的真实身份就是工藤新一。

服部平次

毛利小五郎，毛利兰的父亲，职业是侦探，但推理能力奇差，大多都由柯南的暗示才得以破解。

毛利小五郎

高中生黑羽快斗，是个热爱魔术的少年。为了找出杀害父亲的凶手，继承了怪盗的身份。

怪盗基德

在工藤新一家隔壁的发明家，是新一缩小后第一个投靠的人，用自己的发明帮了柯南很多忙。

阿笠博士

本名宫野志保，真实身份是黑衣组织的成员·雪莉，因为服下APTX4869而导致身体变小。

灰原哀

清纯善良的女孩，富有正义感，坚定不移地爱着新一。当柯南是亲弟弟，有许多追求者。

毛利兰